Les Croisés s'installent devant Béziers, vicomté de Trencavel. Raymond Roger a déjà quitté la ville emmenant avec lui des hérétiques et tous les Juifs, pour mettre Carcassonne en état de défense.
Les habitants de Béziers refusent la proposition des légats, de leur livrer les hérétiques pour avoir la vie sauve. Quelques imprudents quittent l'abri des murailles pour narguer les Croisés et suscitent la colère des ribauds* qui se ruent sur eux ; une porte est ouverte par où ils s'engouffrent et la tuerie commence. C'est la panique totale car les assiégés, confiants, ne sont pas prêts à l'attaque. Tous les habitants (20 000 dit-on) périssent. Réfugiés dans les églises, les femmes et les enfants n'échapperont pas aux ribauds. Le massacre est total. Personne n'a oublié le fameux mot attribué à Arnaud Amaury : ' Tuez-les tous ! Dieu reconnaîtra les siens '. Après le massacre, c'est l'incendie et le pillage.
L'armée gagne ensuite Carcassonne qui, aux yeux des Croisés, est plus diabolique encore, car les Juifs y sont nombreux et puissants. Le siège dure 15 jours.
Les Croisés donnent l'assaut au bourg fortifié du Nord qui est facilement pris. La seconde attaque contre le bourg du Sud se solde par un échec et il faut se résoudre à déployer l'artillerie : pierriers, mangonneaux et trébuchets ouvrent une brèche dans la muraille. Les deux bourgs sont pris. La ville surpeuplée étouffe sous la chaleur torride d'Août, les puits sont à sec et les assiégés ne peuvent accéder aux fontaines extérieures. Elle demande à négocier. Pierre II, roi d'Aragon et suzerain de Trencavel, accouru à l'annonce de l'attaque de son vassal, intervient auprès des croisés, mais sa médiation échoue. Alors Raymond Roger Trencavel s'offre en victime à condition que ses gens aient la vie sauve.
Tous les habitants quittent Carcassonne, 'ne portant rien avec eux que leurs péchés'. Simon de Montfort sera élu Vicomte de Béziers et de Carcassonne, tandis que Trencavel, jeté dans un cachot de son palais, y mourra le 10 Novembre, officiellement des suites d'une maladie, que la rumeur transformera en empoisonnement.
Cette première année de croisade voit encore la soumission de la ville de Castres qui livre ses hérétiques (ce sera le premier bûcher cathare) et l'échec devant Cabaret composé des quatre châteaux de Lastours
Au terme de quarante jours (la quarantaine), l'armée, ayant obtenu les indulgences promises par le pape, se désagrège : chevaliers et ribauds rentrent chez eux, ' lavés de leurs péchés '
Il en sera ainsi durant toute la croisade : les seigneurs du Nord apporteront leur contribution à Simon de Montfort pendant quarante jours, seront relayés par d'autres qui céderont leur place quarante jours plus tard et ainsi de suite jusqu'à la fin des hostilités On verra ainsi défiler tous les grands barons du Nord (les Français, comme les appelaient les Occitans). Très peu consentiront à rester auprès du chef de la croisade dans ce pays qui leur est étranger et hostile.
L'hiver imposait une trêve à l'armée et Simon de Montfort avait chargé sa femme, la Comtesse Alice, de lui emmener des renforts au printemps, tâche dont elle s'acquitta parfaitement.
Bram : En Mars, l'armée reconstituée, Simon de Montfort enlève Bram en trois jours : tous les prisonniers, plus de cent, ont les yeux arrachés, le nez et la lèvre supérieure coupés. L'un de ces malheureux, auquel on aurait laissé un œil, doit conduire la triste colonne jusqu'au château de Cabaret, refuge des ennemis de Simon.
Minerve : les Croisés arrivèrent au début de Juin devant Minerve ; c'était une place très forte, bâtie sur un site escarpé et défendue par une importante garnison, sous le commandement de Guillaume de Minerve. Simon avait reçu l'aide des Narbonnais et des croisés gascons rassemblés par l'archevêque d'Auch. Il fait installer des mangonneaux et une puissante pierrière et le bombardement commence. Après sept semaines de siège, les assiégés, épuisés par la faim et la soif, demandent de négocier : tous ceux qui abjureront, auront la vie sauve. Les Parfaits et les Parfaites ayant refusé de se convertir, seront conduits vers un bûcher immense où il se précipiteront eux-mêmes. Plus de 140 seront brûlés avec le courage des martyrs.
Termes : l'armée s'en va ensuite mettre le siège devant Termes. Le siège dure quatre mois, quatre mois de souffrance pour les assiégeants autant que pour les assiégés, manquant de vivres et d'eau. Finalement, le château capitule et Raymond de Termes paiera pour toutes les souffrances de l'armée croisée : jeté dans un cachot de Carcassonne, il y restera plusieurs années et finira par y mourir.
Puivert : Simon, pour utiliser l'effet produit par la chute du château de Termes, réputé imprenable, se tourne immédiatement vers Puivert, résidence des Vicomtes de Béziers, et l'enlève sans difficulté en trois jours.
Cabaret : Dès l'arrivée des renforts, Simon propose d'assiéger Cabaret. Mais Pierre Roger de Cabaret, seigneur de la place, détient un prisonnier cher au cœur de Simon : c'est Bouchard de Marly, son cousin. Il propose un marché : la liberté pour le prisonnier contre une amnistie totale et l'abandon de ses domaines. Simon de Montfort, heureux de revoir Bouchard et d'éviter un siège difficile, ratifie le marché et installe sa garnison dans les quatre châteaux de Pierre Roger de Cabaret.
Lavaur : maître de Cabaret, Simon se tourne vers Lavaur, place forte de l'hérésie albigeoise. Le château appartient à une veuve, Guiraude de Laurac, notoirement cathare, dont le frère, Aimery de Montréal, conduira la défense. Le siège traîne en longueur, car les assiégés disposent de souterrains, qui leur permettent d'aller et venir, d'incendier les machines…
Les assiégeants manquent de vivres et une troupe importante de Croisés, qui venait en renfort, est surprise et massacrée à Montgey par le Comte de Foix. Le découragement atteint l'armée, lorsqu'enfin, un pan de rempart s'écroule : la ville est enlevée le 3 Mai 1211.
Simon de Montfort est impitoyable pour les chevaliers qui n'ont pas tenu parole après lui avoir juré obéissance et fidélité. Aimery de Montréal sera pendu et ses quatre-vingts chevaliers passés au fil de l'épée. Quant à dame Guiraude, elle est jetée dans un puits et tuée à coups de pierres
Les Croisés marchent ensuite sur Toulouse en ravageant les récoltes sur leur passage et proposent aux Toulousains de leur livrer le Comte Raymond VI, qui n'avait pas tenu ses promesses de St Gilles. S'ils voulaient l'abandonner et accepter un autre chef, la ville ne serait pas attaquée. Les députés de Toulouse déclarent alors noblement, qu'ils sont liés à leur seigneur par un serment de fidélité et qu'ils ne comptent pas le livrer.
L'assaut est donné le 17 Juin, mais il est repoussé car les assiégés sont bien supérieurs en nombre et solidement encadrés. Raymond VI a fait appel à ses vassaux et à ses ribauds. Encouragés par ce succès, ils sortent de leur enceinte, harcèlent les Croisés et détruisent leurs convois de vivres. Après douze jours de siège, Simon lève précipitamment le camp, abandonnant même son artillerie. Après avoir ravagé le comté de Foix, il remonte vers Castelnaudary. A peine y est-il installé que Raymond VI vient l'attaquer. Il a rassemblé tant de monde que Simon se voit perdu s'il ne trouve pas immédiatement des renforts. Or, les renforts tardent. Raymond VI, au lieu de pousser son avantage devant la faiblesse de son adversaire, hésite, change de tactique, bref rien n'est fait lorsqu'une grosse troupe de Croisés vient à la rescousse de son ennemi. Le combat tourne à l'avantage des croisés et Raymond VI lève le camp.
Raymond VI n'a plus les moyens de repousser les Français et se voit enlever tous ses châteaux l'un après l'autre. Simon a conquis successivement le Toulousain, le Quercy, l'Agenais et le Comminges, mais il sait bien que rien ne sera terminé tant que le Comte tiendra Toulouse.
L'année 1212 se termine par les statuts de Pamiers. Simon profite de la trêve pour organiser le pays conquis et mettre de l'ordre dans ses domaines. Il distribue les fiefs aux chevaliers fidèles et remplace ainsi la noblesse méridionale par les seigneurs du Nord. Tout le pays en est transformé.
Se voyant dépossédé de ses biens, Raymond VI fait appel à son beau-frère, le roi d'Aragon Pierre II, roi très catholique, couronné à Rome, vaillant vainqueur des Maures en Espagne, mais qui voit d'un mauvais œil l'installation d'une nouvelle puissance féodale mise en place par Simon de Montfort, aux portes de son royaume (il possède le Roussillon et la catalogne française, est le suzerain des Comtés de Montpellier et Béziers).
Pierre II, ' fils aimé du pape ' va d'abord essayer de discréditer Simon de Montfort auprès d'Innocent III et de plaider la cause de Raymond VI dont il se déclare le protecteur. Il y réussit dans un premier temps, puisque le pape intime l'ordre aux Croisés de cesser la guerre, mais dans un deuxième temps, l'active diplomatie des légats et les révélations de Marie de Montpellier, épouse délaissée et bafouée de Pierre II, provoquent un revirement total d'Innocent III. Il interdit à Pierre II d'aller à Toulouse et le menace des foudres de l'Église. Trop tard ! Pierre II s'est engagé et ne reviendra pas sur ses engagements : ce sera la désastreuse bataille de Muret.
Dans l'histoire de la croisade, la bataille de Muret est un événement capital.
Les Français pénètrent dans la ville le 11 Septembre. Les alliés (Toulouse, ses vassaux, et le roi d'Aragon) sont déjà en place, mais se querellent pour la tactique à adopter. Raymond VI propose un plan prudent et judicieux, qui est tourné en ridicule par les Aragonais, batailleurs et indisciplinés. Cette mésentente sera lourde de conséquences.
Dans la confusion du premier assaut, deux chevaliers français se sont donné pour but de tuer Pierre II. Au milieu de ses soldats, ils le reconnaissent, se ruent sur lui et l'abattent. A la mort du roi, un mouvement de panique se dessine, amplifié par les attaques inattendues et furieuses de Simon de Montfort, qui lui, avait bien médité et organisé sa tactique. Alors c'est la fuite, la déroute, on se sauve sans avoir combattu. Quinze à vingt mille hommes périssent, tués ou noyés.
Simon triomphe, il a vaincu un roi, il est un héros. Tout s'est joué le 12 Septembre, en un éclair.
Pourtant, la victoire n'aura pas les conséquences attendues. Simon n'osera pas affronter Toulouse qui a refermé ses portes et pleure ses morts.
Après la bataille de Muret, un calme relatif s'installe dans le Midi de la France. Toutes les villes, tous les princes ont fait leur soumission et l'Église en profite pour occuper pacifiquement le pays. En 1215, Louis VIII, fils de Philippe Auguste, auréolé de sa victoire de Bouvines, vient faire une quarantaine en Languedoc et ordonne que les murailles de Narbonne et de Toulouse soient abattues.
La pour mission de clarifier la situation du Languedoc et d'éviter que l'hérésie ne relève la tête. Raymond VI est condamné à l'exil, les terres conquises et Toulouse seront données à Simon de Montfort (qui devient ainsi Comte de Toulouse) et les autres domaines, surtout la Provence, seront administrés par l'Église en attendant la majorité de Raymond VII (fils de Raymond VI). Ces décisions ne satisferont personne et ne pourront éviter la reprise de la guerre.
Simon gagne Toulouse après avoir maté la rébellion de son ancien allié et ami Arnaud Amaury qui s'est attribué illégalement le duché de Narbonne. Toulouse et ses habitants sont calmes, les Comtes Raymond (père et fils) au loin, Simon va donc prendre le temps d'aller, selon la tradition féodale, rendre l'hommage dû à son suzerain, le roi de France. Philippe Auguste consolide la couronne, son royaume s'étend jusqu'aux Pyrénées.
Raymond VI, accompagné de son fils, rentrant d'Italie, s'arrête à Marseille ' pour tâter le terrain '. Il est vite rassuré. Les Provençaux ne veulent pas des Français, ni de Simon ; ils font un accueil triomphal à leur ancien seigneur. L'occasion est trop belle de reprendre possession du marquisat de Provence. Violant les décisions du Concile, Raymond VII attaque Beaucaire, seul îlot de résistance. La garnison est prise au piège dans le château mais la ville est gagnée à Raymond qui voit affluer aides et vivres de partout. Après deux mois de siège et de vains assauts, Simon est obligé d'abandonner. D'ailleurs la situation se détériore en Languedoc et Toulouse s'agite. Simon s'y rend à marche forcée.
Après une brève tentative de conciliation, Simon, exaspéré par la conduite des Toulousains, menace de raser la ville. Le peuple se soulève et c'est l'émeute, on se bat dans toute la ville. Au matin, la ville apaisée, accepte la trêve, assortie d'une énorme amende.
Simon, rassuré, convaincu que la leçon va porter ses fruits, s'éloigne de Toulouse et se dirige vers Saint-Gilles qui a chassé les religieux de la ville. A peine a-t-il le dos tourné que les consuls rappellent Raymond VI, en exil en Aragon. Immédiatement, celui-ci rassemble vassaux, alliés et amis et arrive dans sa ville, le 13 Septembre, où il est acclamé. La garnison de Simon s'enferme, impuissante, dans le château Narbonnais. Les bourgeois s'occupent de fortifier la ville pour suppléer aux remparts abattus. Mais au retour de Simon, c'est une lutte sans merci qui s'engage. C'est une succession d'assauts, avec des victoires et des défaites de part et d'autre, des morts, des blessés, des prisonniers, des torturés dans les deux camps. Le siège dure d'Octobre 1217 à Juillet 1218. Simon souffre, l'armée croisée se décourage, jusqu'au jour où la chance l'abandonne. En voulant secourir son frère, blessé, il se précipite et est atteint d'une pierre à la tempe. Il tombe à terre , mort. La désolation s'empare du camp français. A Toulouse, c'est une explosion de joie.
L'œuvre de Simon s'écroulera avec lui. Les acteurs de la pièce ne sont plus les mêmes. A Simon, succède son fils Amaury, qui n'a pas l'étoffe de son père. Innocent III est mort et le trône pontifical est moins solide. Raymond VI, vieillissant, laisse les rênes à son fils. La couronne de France aura bientôt changé de tête.
Mais Philippe Auguste aura la lucidité de réagir immédiatement et de dépêcher Louis VIII avec une armée vraiment royale. Le 16 Juin, il arrive devant Toulouse. Louis VIII pense que cette cité rebelle n'osera pas résister à l'héritier de la couronne de France et cependant, elle résiste. De sages mesures ont été prises et la défense de la ville est bien organisée, quartier par quartier. Les Français souffrent beaucoup. Le 1er Août, arguant que sa quarantaine est achevée, le prince Louis lève le siège précipitamment, abandonnant ses machines dont les assiégés feront un feu de joie. La fière cité voit son courage récompensé.
A la suite de l'échec du prince Louis, Raymond VII va de succès en succès et quand il a – du moins en partie – reconquis ses domaines, les Parfaits, réfugiés dans les forêts ou dans des châteaux inaccessibles, peuvent reprendre leurs prédications. Tout reprend comme avant la croisade. Les bûchers avaient été inutiles, et le sang même des martyrs avait fait lever de nouvelles moissons.
Raymond VI, âgé de 66 ans, meurt à Toulouse. Comme il était excommunié, l'église refuse de l'inhumer en terre chrétienne ; son cercueil sera abandonné dans un jardin. Que deviendra-t-il ensuite ? Son fils a inlassablement demandé que son père repose dans un cimetière chrétien, mais cela lui sera toujours refusé. L'année suivante, meurt le Comte de Foix, Raymond Roger, le fidèle allié des Comtes de Toulouse. La lutte continuera avec les nouveaux protagonistes, Amaury de Montfort, le fils de Simon qui n'a pas l'étoffe de son père, Raymond VII et Roger Bernard de Foix.
Le Languedoc libéré aurait pu espérer un avenir indépendant quand Amaury, lassé de la guerre, abandonne Carcassonne en 1224. Mais il fallait compter avec la Papauté, qui ne pouvait tolérer la propagation de l'hérésie, et avec le roi de France Louis VIII, qui ne pouvait laisser échapper l'occasion de porter jusqu'aux Pyrénées les pouvoirs du domaine royal.